יהודים, רובם שברי משפחות, ראו אפשרות הצלה במנוסה ליער, הכנת בורות מוסווים ומחבואים למגורים, איסוף מזון, מזרונים, שמיכות וכר׳ כדי להיות מוכנים לבריחה מיידית בבוא שעת החיסול הסופי. בתנאים כאלה, תוך פחדים מתמידים ובחרדה לבאות, עבר על שרידי חרב אלה החורף 1942 ־ 1943.
ב־6 במארס 1943 הוטל הגם על ראשיהם הפקודה להסתלק מהעיירה החרבה ולהצטרף לאסירי גיטו בורשצ׳וב. הוצאו מכלל זה רק עובדי "המשמר" והאחוזה. המעטים, שקבלו את הגזירה תוך יאוש גמור, וביניהם אחרוני ה״יודנראט" שעוד נותרו בחיים, אמנם ארזו מטלטליהם הדלים ועברו לבורשצ׳וב. כל האחרים ירדו למחתרת: לבונקרים שבתוך הריסות הבתים, למחבואים אצל הגויים וליער. דממת־מוות ירדה על העיירה. הבתים הפרוצים פערו חלונותיהם השבורים כחורי עיניים בגולגלותיהם של שלדים. השוטרים האוקראיניים צמאי הדם, רובם "בני טובים", תושבי סקאלה, פיטרלו יומם ולילה ברחובות ובסימטאות העזובות. עזרו להם בחיפושים אחרי המסתתרים, בריונים, שודדים ורוצחים אוקראיניים וכל אלה קיבלו עידוד מ״האינטליגנציה" שלהם, ובראשה הכומר דרוויאנקו והרופאה ד״ר מודנה, אשר הטיפו בארסיות רצחנית להשלמת המלאכה ולביעור שרידי היהודים עד האחרון שבהם. אל הרוצחים האלה הצטרפו, אחרים שבאו ממקור בלתי צפוי: כמה אוזבקים, עריקים מהצבא האדום, שרכשו אמונם של הגרמנים וצורפו בין השאר גם ל״משמר הגבול״ הסקאלאי. אחד מהם גילה, בקיץ 1943, את מחבואו של הרופא ד״ר שטוירמאן ומשפחתו מתחת לבית הכנסת ה״סטרוסובי" וכולם נרצחו בחצר בית הכנסת.
הימים והלילות של אביב, קיץ וסתיו שנת 1943 זחלו לאיטם וסומנו בדמם של עשרות קורבנות מבין השרידים. מדי פעם פלחו מטחי יריות את דממת הלילה, שוב נפל מישהו בידי הרוצחים. שוב ושוב נתגלו יהודים מוסתרים בבונקר, או במחבוא אצל הגויים, והם הובלו על ידי השוטרים לבית הקברות ונרצחו שם. פשטו גם סיפורי זוועה על מותם האכזרי של גברים ונשים, אשר נשחטו על ידי "מציליהם", כביכול, שנמאס להם להחזיקם, וגופותיהם פוזרו בשדות. באחד הבקרים התנפלו השוטרים על האחוזה והרגו את כל היהודים, שעבדו שם ושהשבו, כי זהו מקלט בטוח. ב־19 באוקטובר 1943, נתפשו בלילה עובדי ה״צולגרנצשוץ" ונשלחו למחרת היום למחנה יאנובסקה. כולם נספו בבלז׳ץ, פרט לבתה של אחת המשפחות שהסתתרה בעליית־הגג של "המשמר". באותה תקופה נחרץ גורלם של פליטי סקאלה שנדחסו לגיטו בורשצ׳וב, יחד עם מגורשי ארבע עיירות אחרות. הרעב, הצפיפות ותנאי התברואה הירודים גרמו להתפרצותה של מגיפת 65